Pelayanan penjara merupakan kegiatan pertama Cahaya Logos yang sudah dilakukan sejak tahun 1985 yang pada saat itu masih dilakukan di bawah naungan gereja.
Beberapa Lapas (Lembaga Pemasyarakatan) dan Rutan (Rumah Tahanan) yang masih aktif dilayani Yayasan dari dulu hingga sekarang:
1. Lapas Cipinang Kelas IA, sejak tahun 1985
2. Lapas Salemba Kelas IIA, sejak tahun 2010
3. Lapas Tangerang Pemuda Kelas II, sejak tahun 1985
4. Rutan Pondok Bambu, sejak tahun 1993
5. Lapas Bulak Kapal, Bekasi Timur, sejak tahun 2005
Adapun kegiatan yang dilakukan di dalam Lapas maupun Rutan adalah sebagai berikut :
1. Ibadah rutin: dilakukan seperti halnya ibadah hari minggu, dan diadakan sesuai dengan jadwal yang sudah diberikan oleh masing-masing Lapas dan Rutan.
2. Pendalaman Alkitab: untuk dapat bertumbuh, tentunya seseorang membutuhkan lebih dari sekedar ibadah, namun juga pengertian tentang identitas, khususnya diri kita di mata Tuhan. Yayasan juga memberikan kelas bagi para narapidana yang ingin belajar lebih lanjut secara rohani.
3. Sakramen Baptisan Air: Anak bina yang telah bertumbuh dan membuat keputusan untuk dibaptis dapat mengikuti baptisan air di seluruh Lapas. Jumlah warga binaan yang sudah mengikuti baptisan sejak tahun 1985 hingga sekarang sudah mencapai lebih dari 1.000 orang. Jemaat yang dibaptis mendapatkan Surat Baptis resmi.[Foto-foto baptisan air]
4. Konseling pribadi: bagi anak bina (narapidana) yang mempunyai masalah dan ingin berbicara secara pribadi atau yang baru mengenal Kristus. Dengan konseling, mereka mendapatkan bimbingan secara khusus, agar mengerti dan mengenal Kristus secara lebih mendalam hingga terjadi lahir baru.
5. Kegiatan sosial lainnya:
- Membagikan kebutuhan sehari-hari seperti makanan (mie instan, sereal, kopi/teh), sabun mandi/cuci, sikat dan pasta gigi, obat-obatan dan lain-lain.
- Membantu biaya memulangkan mereka yang telah bebas dari Lapas/Rutan untuk kembali ke daerah masing-masing, terutama bagi yang jauh dari kota.
- Melayani kedukaan warga binaan yang meninggal di dalam penjara dan yang tidak mempunyai sanak keluarga, mulai dari penjemputan jenazah dari Rumah Sakit, pembelian peti, tanah kuburan dan ibadah penguburan. (Hal ini terjadi karena tidak ada yang mengurus jenazah, dan untuk menghindari jenazah dijual untuk keperluan kuliah.)
- Memberikan berbagai pelatihan seperti membuat kerajinan, tas, gantungan kunci, pelatihan keterampilan/soft skills, dan lainnya.
- Membantu menjual hasil karya/kerajinan tangan para anak bina setelah keluar penjara.
- Memberikan modal untuk berdagang UMKM seperti warung sembako dan lainnya sesudah mereka bebas.